Atualmente inquieta bastante aos militares e setores de inteligência estaduais o fato da ABIN ser subordinada a Secretaria de Governo, setor chefiado por pessoa indicada por políticos.
Agradando aos militares, Temer anunciou essa semana que tem intenção de que a ABIN volte a ser subordinada ao Gabinete Militar que poderá passar a se chamar Gabinete de Segurança Nacional, com as mesmas atribuições do antigo GSI. Setores da ABIN declararam que desejam permanecer vinculados diretamente ao gabinete presidencial, mas isso foi descartado por Temer.